「保険料控除証明書　発行サービス」で新規ID登録の上、電子データをダウンロードします。

QRコード付証明書等作成システムを使用し、電子データ（XML）をPDFに変換して印刷することで当日中に紙の控除証明書を取得できます。

QRコード付証明書等作成システムのインストール方法や利用方法については、こちらをご確認ください。

同サイト内にはよくある質問・お問い合わせ先も記載されています。